Además de los recursos institucionales habituales, los fondos de las alianzas empresa-universidad se gestionarán en alianza con la Fundación de Apoyo a la Universidad de São Paulo ( FUSP ), la Fundación de la Facultad de Medicina ( FFM ) o la Fundación Zerbini ( FZ ).

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El uso de estos fondos cumple con las disposiciones del Reglamento de USP. Además del financiamiento actual, los profesores rectores del Programa recaudan fondos de agencias que promueven la investigación y la innovación tecnológica, como programas  Innova  y  Innovación en Tecnología Asistencial , entre otros, de la Financiadora de Estudios y Proyectos ( FINEP ), Consejo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (CNPq) (convocatoria universal, becas de productividad, becas de apoyo técnico, becas de iniciación científica -  PIBIC , avisos públicos específicos del área de salud, de la Coordinación de Perfeccionamiento del Personal de Educación Superior ( CAPES ) y de la Fundación de Apoyo a la Investigación del Estado de São Paulo ( FAPESP ) ( Asistencia a la Investigación - Regular ,  Proyecto Temático ). Además de financiar la propia investigación, la reserva técnica de algunos fondos contribuirá a la optimización y mantenimiento de la infraestructura de investigación. Otra fuente de recaudación de fondos para proyectos de investigación es la asociación con empresas de equipos y la industria farmacéutica. El Centro de Estudios de Anestesiología y Reanimación de la Disciplina de Anestesiología de la USP ( CEDAR ) asume parcialmente el financiamiento de algunos proyectos de investigación.

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Los profesores involucrados en estudios de posgrado son conscientes de la importancia de buscar financiamiento de empresas, en proyectos de colaboración empresa-universidad, y de agencias de financiamiento y agencias de financiamiento para la ejecución de excelentes proyectos de investigación científico-tecnológica. 

En la presentación de postulantes, se pregunta al futuro asesor sobre la disponibilidad de recursos y la viabilidad financiera del proyecto propuesto, una oportunidad de aprendizaje inicial para el futuro alumno. La disciplina obligatoria del programa ( Bases Metodológicas de la Investigación Científica ) dedica parte del Programa a la discusión de los procesos involucrados en la captación de fondos para la investigación.