Além dos recursos Institucionais habituais, as verbas provenientes de parcerias empresa-universidade serão gerenciadas em parceria com a Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo (FUSP), Fundação Faculdade de Medicina (FFM) ou Fundação Zerbini (FZ).

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O uso dessas verbas obedece ao disposto no Regimento da USP. Além dos financiamentos vigentes, os professores orientadores do Programa captam recursos de órgãos de fomento à pesquisa e inovação tecnológica, tais como dos programas Inova e Inovação em Tecnologia Assistiva, entre outros, da Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) (edital universal, bolsas de produtividade, bolsas de apoio técnico, bolsas de iniciação científica ‒ PIBIC, editais específicos da área da saúde), da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo(FAPESP) (Auxílio à Pesquisa ‒ Regular, Projeto Temático). Além do financiamento das pesquisas propriamente ditas, a reserva técnica de alguns fomentos contribuirá para a otimização e manutenção da infraestrutura de pesquisa. Outra fonte captação de recursos para os projetos de pesquisa é a parceria com empresas de equipamentos e a indústria farmacêutica. O Centro de Estudos de Anestesiologia e Reanimação da Disciplina de Anestesiologia da USP (CEDAR) assume parcialmente o financiamento de alguns projetos de pesquisa.

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Os docentes envolvidos na pós-graduação estão cientes da importância da busca de financiamento junto a empresas, em projetos de parceria empresa-universidade, e a agências de fomento e órgãos financiadores para a execução de projetos de pesquisa científico-tecnológicos de excelência. 

Na apresentação de candidatos à pós-graduação, o futuro orientador é arguido sobre a disponibilidade de recursos e a exequibilidade financeira do projeto proposto, oportunidade inicial de aprendizado para o futuro aluno. A disciplina obrigatória do programa (Bases Metodológicas da Pesquisa Científica) dedica parte do Programa à discussão dos processos envolvidos na captação de recursos para pesquisa.